Die Bedienungsoberfläche wurde so ausgelegt, dass Prokal möglichst schnell und intuitiv mit der Maus zu bedienen ist. Die wichtigsten Funktionen sind über Drag & Drop, Klick und Doppelklick zu erreichen. Die rechte Maustaste stellt über den wichtigen Elementen ein Kontextmenü zur Verfügung.
Einige besonders häufig benötigte Funktionen sind über eine Symbolleiste zu erreichen.
Alle Funktionen des Programms sind über das Hauptmenü des Programms, und damit auch über die Tastatur zu erreichen